Ο Ο.Ε.Ε.Κ. διοικείται από ενδεκαμελές Διοικητικό Συμβούλιο, το οποίο συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων και απαρτίζεται από τον Πρόεδρο, τον Αντιπρόεδρο και εκπροσώπους του Υπουργείου Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας, του Υπουργείου Οικονομικών, του Υπουργείου Εργασίας και των κοινωνικών εταίρων (Γ.Σ.Ε.Ε. - Σ.Ε.Β. - Γ.Σ.Ε.Β.Ε.Ε. - Ε.Σ.Ε.Ε.).
Οι κοινωνικοί εταίροι, στα πλαίσια της εταιρικής σχέσης, εκτός από την παραπάνω συμμετοχή τους στη Διοίκηση του Ο.Ε.Ε.Κ., συμμετέχουν και σε Τριμερείς Συμβουλευτικές Επιτροπές (Τ.Σ.Ε.). Οι Τ.Σ.Ε. έχουν ως κύριο έργο τους την ανίχνευση των αγορών εργασίας, σε περιφερειακό και τοπικό επίπεδο, καθώς και την εισήγηση στο Δ.Σ. του Ο.Ε.Ε.Κ. για την έναρξη λειτουργίας νέων ειδικοτήτων στα Δημόσια Ι.Ε.Κ. ή την παύση παλαιών, αν υπάρχει κορεσμός. Συγκεκριμένα, οι Τ.Σ.Ε., που τώρα πια συγκροτούνται σε Νομαρχιακό επίπεδο, αντί του Περιφερειακού που ίσχυε μέχρι σήμερα, παρατηρούν και καταγράφουν το οικονομικό και κοινωνικό προφίλ των τοπικών αγορών, ερευνώντας τις οικονομικές δράσεις ανά νομό, τις δημογραφικές εξελίξεις, τον κορεσμό των αγορών εργασίας και τη δυναμική της κάθε περιοχής. Συμμετέχουν, επίσης, στη διαδικασία εξετάσεων πιστοποίησης επαγγελματικής κατάρτισης.
Στο πλαίσιο της αποτελεσματικότερης λειτουργίας της Κεντρικής Υπηρεσίας, ο Ο.Ε.Ε.Κ. προχώρησε σε συνολική αναδιάρθρωση της οργανωτικής δομής του, το 1997 (Ε/18920/5-11-97, ΦΕΚ 1022 τ.Β'), διευρύνοντας το φάσμα των Διευθύνσεών του με τις ακόλουθες νέες: Διεύθυνση Οργάνωσης Πληροφορικής, Διεύθυνση Επαγγελματικών Δικαιωμάτων και Ισοτιμιών, Διεύθυνση Εποπτείας Ιδιωτικών Ι.Ε.Κ., Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου (Βλ. Οργανόγραμμα ΚΥ ΟΕΕΚ).
Επίσης, η οργανωτική μορφή των Δημοσίων Ι.Ε.Κ. παίρνει νέα, πληρέστερη τυπική μορφή (βλ. τυπικό οργανόγραμμα Δημοσίων Ι.Ε.Κ.):
